Az MBFH önálló feladattal és hatáskörrel rendelkező központi hivatal, amelynek irányítását a bányászati ügyekért felelős miniszter látja el. Az MBFH jogi személy, amely a költségvetési szervek jogállásáról és gazdálkodásáról szóló 2008. évi CV. törvény szerint önállóan működő és gazdálkodó központi közhatalmi költségvetési szervként működik. Az MBFH illetékessége a Magyar Köztársaság területére terjed ki. Az MBFH területi szerveinek, a bányakapitányságoknak székhelyét és illetékességi területét a Magyar Bányászati és Földtani Hivatalról szóló 267/2006. (XII. 20.) Korm. rendelet állapítja meg. Az MBFH feladat- és hatásköri jegyzékét az SZMSZ 1. sz. függeléke sorolja fel.

A Magyar Bányászati és Földtani Hivatalról szóló 267/2006. (XII. 20.) Korm. rendelet alapján a Magyar Állami Eötvös Loránd Geofizikai Intézet (a továbbiakban: ELGI) az MBFH állami földtani feladatainak ellátásában közreműködik. Az ELGI önállóan működő költségvetési szerv, önálló jogi személy és saját alapító okirattal rendelkezik. Az ELGI gazdálkodási feladatait kijelölés alapján az MBFH gazdasági szervezete látja el. Az MBFH és az ELGI közötti kapcsolattartás, munkamegosztás és felelősségvállalás rendjét munkamegosztási megállapodás rögzíti.